تعداد بی‌شمار و روزافزون از کاربران واتس‌آپ در سرتاسر جهان این نرم‌افزار کاربردی را به یکی از مشهورترین‌ها در بین نرم افزارهای کاربردی ارتباطی و ارسال پیام فوری در دنیا بدل کرده است، این امر باعث شده تا بسیاری از کاربران به این نتیجه برسند که این نرم‌افزار کاربردی بهترین است و به دنبال یافتن نرم‌افزار کاربردی دیگری به عنوان جایگزینی که بتواند امکاناتی بهتر از واتس‌آپ برای آنها فراهم کند، نباشند.
هفت مزیت نامرغوب و باورنکردنی در نرم افزار کاربردی واتس‌آپ به شرح ذیل می باشند:

1-ثبت نام در واتس‌آپ فقط از طریق شماره تلفن همراه است

فقط با داشتن شماره تلفن همراه می‌توان در واتس‌آپ ثبت نام کرد. این موضوع یکی از نقاط ضعف این نرم افزار کاربردی است که تاکنون هیچ‌ گزینه دیگری برای آن فراهم نشده است. امنیت اطلاعات کاربران از این جهت ضعیف است زیرا که نرم‌افزار امکان ثبت نام از طریق پست الکترونیک یا "رایانامه" را فراهم نکرده، روشی که می‌تواند در مقایسه با استفاده از شماره تلفن همراه، امنیت بیشتری داشته باشد.
از آنجایی که این نرم‌افزار کاربردی اساسا با شماره تلفن همراه کار می‌کند موقعی که کاربر اقدام به تغییر شماره تلفن همراه خود می‌کند مخاطبان او بدون اینکه متوجه تغییر خط تلفن بشوند به ارسال پیام به شماره قدیم، حتی بعد از تغییر یا از کار افتادن آن ادامه می‌دهند.

2- واتس‌آپ فقط بر روی یک دستگاه قابل استفاده است

اگر کاربری مایل باشد از نرم‌افزار کاربردی واتس‌‌آپ بر روی لوح رایانه iPad استفاده کند یا ورود به نرم‌افزار را از طریق ایمیل یا رایانامه انجام دهد و نخواهد هر لحظه به نرم افزار وارد شود در این صورت انتخاب واتس‌آپ می‌تواند گزینه نامناسبی باشد.
علی‌رغم اینکه امکان ثبت نام در نرم‌افزار کاربردی واتس آب از طریق WhatsApp Web فراهم است اما نمی‌توان واتس‌آپ را در آن واحد از دو دستگاه تلفن همراه استفاده کرد.
به عنوان نمونه می‌توان نرم‌افزار کاربردی تلگرام را بر روی دو دستگاه تلفن همراه استفاده کرد و بسیاری دیگر از این قبیل نرم افزارهای کاربردی مانند فیسبوک.

3- WhatsApp Web شبه نرم‌افزاری که بیشتر به یک شوخی شباهت دارد

صفحه WhatsApp Web در نوع خود یک نرم‌افزار کاربردی نیست بلکه شبه نرم‌افزاری است که بیشتر به یک دستگاه کنترل از راه دور شبیه است. در این جا موضوع عجیب و باورنکردنی این است که تا زمانی که گوشی تلفن همراه هوشمند شما به انترنت متصل نباشد WhatsApp Web کار نخواهد کرد. و در صورتی که شارژ برق گوشی تلفن همراه شما که نرم افزار کاربردی اصلی واتس‌آپ روی آن نصب شده، تمام و خاموش شود، استفاده از شبه نرم‌افزار WhatsApp Web امکان‌پذیر نخواهد بود.

4- ذخیره اطلاعات و داده‌ها

نرم‌افزار کاربردی واتس‌آپ بر روی گوشی‌های تلفن همراهی که به سیستم عامل اندروید مجهز هستند از این قابلیت برخوردار است که اطلاعات و داده‌های شما را در جایی دیگر ذخیره کند که بر روی همه نرم‌افزارهای کاربردی دیگر قابل دسترسی است. اضافه بر این، دیگر نرم‌افزارهای کاربردی مشابه باهوش‌تر هستند و به طور مثال نرم‌افزار کاربردی تلگرام عکس‌ها را در چارچوب خود مکالمات حفظ و ذخیره می‌کند.

5- علی‌رغم کدگذاری اطلاعات با روش end_to_end واتس‌آپ شناخت کافی از شما دارد

نرم‌افزار کاربردی واتس‌آپ امکان دسترسی به اطلاعات و داده‌های شخصی شما از قبیل، پیام‌ها، عکس‌ها و مکالمات صوتی و تصویری را ندارد اما در عوض به لیست کسانی که با آنها پیام می‌دهید و یا تماس برقرار می‌کنید دسترسی کامل دارد و می‌تواند داده‌های شما را با شرکت مادر یعنی فیسبوک همزمان مطابقت کند.

6- مزیت حذف پیامها از دو طرف مکالمه

نرم‌افزار کاربردی واتس‌آپ به شرط اینکه 7 دقیقه از زمان ارسال پیام نگذشته باشد، امکان حذف پیام از سوی هر کدام از دو طرف مکالمه را فراهم می‌کند. این مزیت در مقایسه با نرم‌افزارهای کاربردی دیگر مثل مسنجر فیسبوک و تلگرام به نوعی نقص به شمار می‌آید.

7- مدیریت گروه در واتس‌آپ

در مقایسه با نرم‌افزارهای کاربردی دیگر مدیریت گروه‌ها در واتس‌آپ از بدترین معایب در این نرم‌افزار به شمار می‌رود که علل آن به شرح ذیل می‌باشند:
• هر گونه روش به اشتراک گذاری در آن فراهم نیست.
• گروه‌های واتس‌آپ از هوش کافی برخوردار نیستند به طوری که برای همه کسانی که داخل گروه هستند امکان دسترسی به شماره تلفن همراه شما را خواهند داد.
• تا زمانی که تمام اعضای گروه از آن خارج نشوند بستن گروه و حذف آن امکان‌پذیر نیست.
• نرم‌افزار واتس‌آپ دسترسی شما به گروه‌هایی را که در آنها عضو بودید را نمی‌دهد.
• برای هر کسی این امکان فراهم است تا شما را به هر گروهی دعوت کرده و عضو کند حتی اکثر مایل به آن نباشید.
• اگر شماره تلفن همراه خود را تغییر دادید همه اعضای گروه‌هایی که در آنها عضو هستید متوجه آن خواهند شد.
علی‌رغم تمام معایبی که بر شمردیم تاکنون نرم‌افزار کاربردی واتس‌آپ با داشتن بیش از یک میلیارد کاربر پرنفوذترین و تاثیرگذارترین نرم‌افزارهای کاربردی در جهان است.